דו"ח מבקר המדינה לשנת 2009 אשר פורסם אתמול מתייחס לליקויים באופן עריכת הבחינות העיוניות לנהגים חדשים. בחודש יולי 2008 חודש מאגר השאלות לבחינות התאוריה. השאלות החדשות נכתבו על ידי ההוצאה לאור הפועלת בשירות משרד התחבורה, ואוגדו במאגר ממוחשב.
עם המעבר לגרסה החדשה של הבחינה, אחוזי הכשלון בקרב הנבחנים עלו משמעותית. על פי הדו"ח, הסיבה לכך נעוצה בניסוחים מכשילים של השאלות: שאלות שכלל אין להן תשובה נכונה מבין התשובות המוצעות, שאלות שיש להן כמה תשובות נכונות (כאשר הנבחן יכול לבחור תשובה אחת בלבד) ושאלות אחרות שניסוחן מעורפל ולא ברור.
שיעור השאלות שניסוחן לקוי עמד על למעלה מ- 20% מתוך כלל השאלות החדשות. השאלות הבעייתיות זוהו והוצאו מתוך המאגר, ושיעור הנכשלים ירד לרמה שהייתה קיימת במתכונת הבחינה הישנה. אולם, לא היה בכך פתרון עבור אלה שנבחנו טרם תיקון הפגם, ונכשלו בבחינה. אלה נדרשו להבחן שוב, ולשלם את מלוא האגרה.